たいていの会社では、通勤手当は「最も経済的な経路で支給する」となっていると思います。「経済的」とは時間が短いということではなく、金額が安いこと。だから違う私鉄の路線も乗り継ぐよりも、ＪＲならＪＲ、東京メトロなら東京メトロで遠回りした方が安いのです。しかも、ＪＲは定期券割引が大きく、東京メトロは小さいという違いもあるので、単純に片道運賃では比較できません。
社員が申告した通りに支給する会社も多いけれど、実際に定期券を買ってコピーを提出しなければいけなかったり、会社が定期券を購入して現物支給したり。僕の勤務先のように、最安値のルートを調べてその金額しか出さない会社もあります。
最安値ということだと、例えば春日部から渋谷まで東武伊勢崎線～半蔵門線の乗り入れで乗り換えずに来られるのに、支給は北千住で千代田線に乗り換えて、表参道でまた元の路線に乗り換えるようなルートになったりします。
また、目黒区や品川区の東急沿線では、最寄駅より少しだけ遠い駅まで歩かされるルートになることも結構あります。所要時間だけではなく、治安や利便性、その駅に止まる電車の種別（急行停車駅かどうか）など、すべてを考慮して決定することは難しいので、人事担当者はいつも頭を悩ませることになるんですよ。
